يقع المعبد بقلب مدينة إسنا التي تبعد حوالي ٥٥ كم جنوب الأقصر. أطلق عليها اسم "لاتوبوليس" أي مدينة سمكة قشر البياض. أقام الملك بطليموس فيلوماتور المعبد الحالي على أنقاض معبد الملك تحتمس الثالث، واستمر البناء فيه لمدة ٤٠٠ عام حتى أواخر العصر الروماني. كرس معبد إسنا لعبادة الثالوث خنوم ونيت ومنحيت. يتكون المعبد من قاعة أساطين يحمل سقفها ٢٤ أسطونًا، وتعتبر من أجمل قاعات الأساطين بمصر. يرتبط المعبد بمرفأ على النيل ما تزال بقاياه ظاهرة حتى الآن.