بدأت قصة تأسيس المتحف مع الاهتمام العالمي الكبير بالآثار المصرية بعد فك رموز حجر رشيد على يد العالم الفرنسي شامبليون.وكانت النواة الأولي للمتحف ببيت صغير عند بركة الأزبكية القديمة حيث أمر محمد علي باشا بتسجيل الآثار المصرية الثابتة ونقل الآثار القيمة إلى متحف الأزبكيةوذلك عام 1835.
بعدوفاة محمد علي عادت سرقة الآثار مرة أخرى وسار خلفاؤه علي نهج الإهداءات فتضاءلت مقتنيات المتحف. وفي عام 1858م تم تعيين (مارييت) كأول مأمور (لإشغال العاديات) أي ما يقابل حالياً رئيس مصلحة الآثار. وجد أنه لابد من وجود إدارة ومتحف للآثار ولذلك قام باختيار منطقة بولاق لإنشاء متحف للآثار المصرية ونقل إليها الآثار التي عثر عليها أثناء حفائره (مثل آثار مقبرة إعح حتب). في عام 1863م أقرّ الخديويإسماعيل مشروع إنشاء متحف للآثار المصرية ولكن لم ينفذ المشروع وإنما اكتفي بإعطاءمارييت (عر بخانة) أمام دار الأنتيكخانة في بولاق ليوسع متحفه.
في عام 1878م حدث ارتفاع شديد في فيضان النيل مما سبّب إغراق متحف بولاق وضياع بعض محتوياته.
في عام 1881م أعيد افتتاح المتحف وفي نفس العام توفي مارييت وخلفه (ماسبيرو) كمديرللآثار وللمتحف.
في عام 1890م وعندما تزايدت مجموعات متحف بولاق تم نقلها إلي سراي الجيزة.
وعندما جاء العالم (دي مورجان) كرئيس للمصلحة والمتحف قام بإعادة تنسيق هذه المجموعات في المتحف الجديد الذي عرف باسم متحف الجيزة.
وفي الفترة من 1897 – 1899م جاء لوريه Loret كخليفة لدي مورجان.
ولكن عاد ماسبيرو مرة أخرى ليدير المصلحة والمتحف من عام 1899 – 1914م وفي عام 1902م قام بنقل الآثار إلى المبني الحالي للمتحف (في ميدان التحرير) وكان من أكثر مساعديه نشاطاً في فترة عمله الثانية العالم المصري أحمد باشا كمال الذي كان أول من تخصص في الآثار المصرية القديمةوعمل لسنوات طويلة بالمتحف.
أما أول مدير مصري للمتحف فكان "محمود حمزة" الذي تم تعيينه عام 1950م.
هذاوقد كان للمتحف دليل موجز من وضع ماسبيرو يرجع إلي عام 1883م إلا انه قام بعمل دليل كبير للمتحف الجديد ظل يطبع ويكرر من عام 1915م حتّى الآن (ولكن مع مجموعة من التعديلات).